市环境保护局设7个内设机构。
(一)办公室(宣传教育科)。负责文电、会务、机要、档案、精神文明等工作;承担信息、安全、保密、信访、政务公开等工作。承担机关和所属单位财务、国有资产管理、政府采购、内部审计工作;组织实施全市环境保护宣传教育工作;组织开展生态文明建设和环境友好型社会建设的宣传教育工作,承担新闻审核和发布工作。负责机关和所属单位的人事、党群和机构编制管理工作;承担环境保护行政体制改革的有关工作;负责机关和所属单位的离退休人员管理工作。
(二)科技规划和政策法规科。贯彻执行国家和省环境保护科技政策和环境保护标准;负责编制环境保护科技发展规划;组织环境保护重大科技攻关和实施技术示范工程;参与指导和推动循环经济与环保产业发展。组织编制全市环境功能区划、环境保护规划;协调、审核环境保护专项规划;审核城市总体规划中的环境保护内容;负责开展全市环境保护国际交流与合作工作。组织开展环境保护执法检查;组织环境保护行政处罚;参与重大环境违法案件的调查与处理。承办有关行政复议、应诉及赔偿工作。
(三)污染物排放总量控制科。承担落实全市减排目标的责任,提出总量控制计划;组织实施排污许可证制度。承担全市环境统计和污染源普查工作。
(四)环境影响评价科。承担全市规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作;监督管理环境影响评价机构资质和相关职业资格;对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的镇、办事处,承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目环境影响评价工作。
(五)污染防治科。实施水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车等污染防治工作;会同有关部门监督管理饮用水源地环境保护工作;组织实施排污申报登记工作;组织拟订全市有关污染防治规划并对实施情况进行监督。
(六)自然生态保护科(农村环境保护科)。拟订全市自然生态保护规划并监督实施;指导、协调、监督全市自然保护区、风景名胜区、森林公园环境保护工作,组织开展生物多样性保护、生物遗传资源、农村生态环境保护工作;开展全市生态状况评估;指导生态示范建设与生态农业建设;协调和监督生态破坏恢复整治、野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治等工作。指导农村土壤污染、畜禽和水产养殖污染防治工作。
(七)环境监测和辐射管理科。组织协调开展全市环境监测;调查评估全市环境质量状况并进行预测预警;承担发布全市环境质量状况的有关工作。贯彻落实国家和省核与辐射环境保护政策,承担全市核事故与辐射环境事故应急工作;对全市电磁辐射、核技术应用、射线装置和伴有放射性矿产资源的开发、生产、销售、储存、使用中的污染防治以及放射源退役后的安全和防护实施监督管理;负责市管辐射建设项目的环境管理工作。